Una vez establecida la dictadura de Franco se impusieron cambios como la obligación de tener sus nombres en castellano, alterando así los nombres originales de algunos equipos que usaban el inglés o alguna otra lengua peninsular (Athletic Club pasó a denominarse Atlético de Bilbao, y Football Club Barcelona como Club de Fútbol Barcelona, equipaciones atletico de madrid 25 26 por citar dos ejemplos). El ‘pequeño Everest’ del Barcelona tras el parón de selecciones alcanza la cima con la visita del Real Madrid a Can Barça. El Madrid metió miedo a los de Xavi, pero un lujo de Lewandowski ha decantado la balanza cuando parecía que no pasaría. La concesión del ferrocarril de San Sebastián a la frontera francesa, que poseía la compañía, se transfirió a la Sociedad Constructora de Obras Públicas y Fomento Industrial, que constituyó una sociedad anónima y se comprometió a terminar la obra en tres años. El 5 de noviembre de 1906, como resultado del arbitraje, se alza una escritura pública en la que se refleja el arreglo de la deuda del ferrocarril de Elgoibar a San Sebastián y las condiciones de la fusión en la nueva sociedad, Ferrocarriles Vascongados.
En 1901 Plácido Allende, presidente del consejo de administración del Durango a Zumarraga y del Elgoibar a San Sebastián, y Julio de Igartua, director gerente de esas mismas compañías inician acciones para fusionar las tres compañías que unían las capitales de Vizcaya y Guipúzcoa pero las negociaciones se tuercen y no hay posibilidad de acuerdo, incluso pactando penalizaciones para quienes rompieran las negociaciones. La estación fue realizada en 1882 por Sabino Goicoechea y ampliada en 1895. El 29 de noviembre de 1911 el consejo de Administración aprueba la propuesta de la dirección de la compañía de construir una nueva estación en Bilbao. El comité de amigables componedores tiene el encargo de estudiar la deuda del Elgoibar a San Sebastián, redactar los estatutos de la nueva compañía que surja tras la fusión y nombrar su director gerente y su primer Consejo de Administración. La compañía es socializada y se forma un Comité de Control Obrero, aun estando vigentes las funciones de su Consejo de Administración. En 1946 se volvió a ampliar el capital pasando de 40.000.000 a 80.000.000 pts y la empresa se mantuvo en un crecimiento sostenido alcanzando las mayores cifras de negocio tanto en mercancías, 652.000 Tm en 1946, como en pasajeros, 7.947.146 en 1954. En ese año debido a la falta de energía eléctrica se tuvo que recurrir al vapor.
En 1927 se pone en marcha en el punto kilométrico 10,471 un tramo de cruce de trenes entre Zadivar y Éibar que ese convertiría el 1 de julio de 1928 en la estación de Mallavía. 9 de abril de 1895, tramo de Zarauz a San Sebastián. También se pone en marcha un cargadero de mineral en la margen derecha de la ría del Nervión, al lado de la estación de Achuri y se mejora el enlace con el Ferrocarril Pamplona-San Sebastián también conocido como Ferrocarril del Plazaola. El elevado precio del carbón, derivada de la primera guerra mundial, hace que los Ferrocarriles Vascongados constituyan la empresa Hulleras Vascongadas, S.A. que explotaba los yacimientos de carbón asturianos de Pola de Lena, carbón que llevaban por tren, en una línea de vía ancha con 10 vagones de 20 Tm de carga, hasta el puerto de San Juan de Nieva en la ría de Aviléz y de allí en barco hasta Bilbao y, de nuevo en tren, hasta Durango donde fabricaban las briquetas para alimentar las locomotoras. Real Madrid 62-44 Caja San Fernando. En la disciplina baloncestística se incorporaron Mirza Delibašić, Steve Malovic y un jovencísimo Fernando Martín, que se convirtió en el mejor pívot que ha vestido nunca la camiseta blanca, y que tuvo el privilegio de ser el primer español y segundo europeo en disputar la National Basketball Association (NBA) jugando para los Portland Trail Blazers.
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