En las primeras ediciones de los noventa, el club se asienta en Primera y participa en Europa, aunque con escaso éxito, y no es hasta la temporada 95/96 cuando vuelve a tener claras opciones de conseguir una Liga con Zubizarreta en la portería y Mijatovic en el centro del campo. En la temporada 88/89 finaliza tercero y en la 89/90 segundo. En la primera remodelación, se colocaron las gradas de las porterías y un lateral con asientos, también se eliminaron las pistas de atletismo y se colocó el césped artificial. La operación se denominó una «cinta transportadora» de basura en toda la ciudad, mientras que los trenes recibieron el sobrenombre de «Expreso del Talco» porque a menudo corrían descubiertos y depositaban hollín en los alrededores.
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